Raspberry Piを接続した状態のRapiro基板とPCを接続してプログラムを書き込む場合は、Rapiro本体の電源をOFFにしてもらえますか。
Rapiro本体の電源がOFFでもRapiro基板上のマイコンはUSBから供給される電源で動作するので、書き込むことができます。

お世話になります。Rapiro本体の電源をOFFにしても、Arduinoにプログラムを書き込むことは
できませんでした。Raspiの電源をOFFにすると書き込みが可能です。

Rapiroの回路図を良く見てみたら原因が分かりました。RaspiのRxD,TxDピンがデフォルトでは入出力になっているため、WIndowsPCとArduinoの通信を邪魔してしまいます。そこで、RasPiのRxD,Txdピンを
入力モードにしてみると、WIndowsPCとArduinoの通信が邪魔されないので正常に書き込みができました。

続報ありがとうございます。
Raspberry Piの電源を切る、という意味でRapiroの電源を切ると書いていました。わかりにくくてすみません。
Raspberry Piの電源をいちいち切るのは(シャットダウンしなくてはいけなくて)大変なので、書かれているとおり一時入力にしてRapiro基板に書き込む方が現実的かもしれないですね。